Die Frauenfußball-Abteilung des SC Freiburg wurde 1975 gegründet, als die komplette Mannschaft der SpVgg Wiehre zum SC wechselte. In den folgenden Jahren wurde man fünfmal südbadischer Meister. In der Endrunde um die deutsche Meisterschaft kam man allerdings nie über das Viertelfinale hinaus.
1985 wechselte ein Teil der Mannschaft zur SpVgg Freiburg-Wiehre zurück. Sechs Jahre später erreichte die SpVgg die Aufstiegsrunde zur Bundesliga. Der Vorstand machte jedoch vor Beginn der Aufstiegsrunde deutlich, dass man auf einen Aufstieg verzichten würde. Daraufhin wechselte die Mannschaft endgültig zurück zum SC, der am 1. Juli 1991 seine Frauenfußball-Abteilung neu gründete. Nach mehreren vergeblichen Anläufen schaffte man schließlich 1998 erstmals den Sprung in die Bundesliga. Nach einem Jahr musste man allerdings wieder absteigen.
Zwei Jahre später schaffte man den Wiederaufstieg. Seitdem konnten sich die SC-Frauen in der Bundesliga etablieren und belegten in der Regel sichere Mittelfeldplätze. 2002 wurde die deutsche U-19-Nationalmannschaft mit der Freiburgerin Alexandra Stegmann Europameister, 2004 mit der Freiburgerin Melanie Behringer Weltmeister, 2006 mit der Freiburgerin Juliane Maier und 2007 mit Susanne Hartel wieder Europameister. 2007 wurde Melanie Behringer mit der deutschen A-Nationalmannschaft Weltmeisterin.
In der Saison 2009/10 stiegen die Sport-Club-Frauen mit nur vier Siegen aus 22 Partien und drei Punkten Rückstand in die Zweite Bundesliga ab. In der folgenden Spielzeit der 2. Bundesliga Süd war der direkte Wiederaufstieg bereits nach dem 19. Spieltag und dem 18. Saisonsieg sicher.
In der Folge gelang es den Freiburgerinnen erneut sich in der Bundesliga zu etablieren.
