Die Frauenfußball-Abteilung des 1.FC Köln wurde am 1. Juli 2009 durch den Übertritt des FFC Brauweiler Pulheim 2000 zum 1. FC Köln gegründet, der damit die Vereinsgeschichte fortführt; dieser war selbst am 1. Juni 2000 durch die Ausgliederung der Frauenfußball-Abteilung des SV Grün-Weiß Brauweiler als eigenständiger Verein gegründet worden.
Der Verein wurde als Grün-Weiß Brauweiler zwar 3 Mal in Folge Meister in der Bundesliga Nord (1995 - 1997), konnte aber nur einmal Deutscher Meister werden: 1997 setzte man sich im Elfmeterschiessen gegen den FC Rumeln-Kaldenhausen durch. Dazu wurde das Team dreimal DFB-Pokalsieger (1991 als Zweitligist, 1994, 1997).
Die erste Frauen-Mannschaft des 1. FC Köln pendelt aktuell zwischen der ersten und zweiten Bundesliga.